Pokud jste někdy hráli na konzoli Nintendo DS, tak pro vás ovládání konzole Nintendo 3DS bude známé. Dotykový displej, mikrofon a +Control Pad jsou i u této nové konzole. Nintendo 3DS má pro vás další nové ovládání, které zvyšuje herní zážitek.
S Circle Padem nad ovládáním +Control Pad vám konzole Nintendo 3DS nabízí plné analogové ovládání v 3D světě. Například ve hře Pilotwings Resort budete ovládat letadlo nad ostrovem Wuhu pohybem svého palce.
Zabudované pohybový a gyroskopický senzor reaguje na váš pohyb, ať už hýbete konzolí do stran nebo nahoru a dolů. Ve hře Steel Diver můžete otáčet své vlastní tělo a tím prozkoumávat hlubiny oceánu periskopem.
Použitím vnitřní a vnější kamery na konzoli Nintendo 3DS můžete měnit váš virtuální svět přímo ve hře. Váš pejsek ze hry vás může rozpoznat, když se objeví váš obličej před kamerou konzole a mnohem více.